Есть в природе сабжевая программа - для правки и улучшений файлов формата FB2.
У меня она одна, ставится с одного и того же дистрибутива. Но пару Винд назад она умела перекодировать файлы из Юникода (или UTF?) в Виндоус-1251. После переустановки я так и не нашла, где эта опция включается.
Вы не в курсе ли?..